政府遷台以來，先後推動三七五減租、公地放領、耕者有其田的土地改革政策，繼而自民國42年起推行四年經濟建設計畫，初期的經濟政策乃以農業培養工業，農業界均努力增產以促進台灣經濟起飛及全面發展。全國農業學術界也紛紛集聚志同道合之士，組成各種農學團體。
台灣農學會(原中華農學會)有鑑於此，乃自民國42年起每年邀集全國各農學團體，共同籌備及舉行農學團體聯合年會，以期集思廣益、集中力量，對於重要農業課題，貢獻心智，提供建議，以利興革。
民國42年第一次農學團體聯合年會在台北市舉行，計有中華農學會、中華林學會、中國園藝學會及臺灣省土壤肥料學會等四個學會參加。民國43年的聯合年會有六個學會參加，民國44年增為8個學會，民國45年增為10個學會，民國104年則有26個學(協)會，民國112年則有32個學(協)會共同參加，充分表現出台灣農業界的團隊精神及合作態度。
一年一度的農學團體聯合年會大致於每年十二月舉行，每年的聯合年會中會以當時最重要且需要解決的問題作為中心議題。透過專題演講以及出席人員的討論，提供學術界及政府作為參考。
歷年農學團體聯合年會中心議題如下：
| 年度 |
中心議題 |
| 2024 |
ＡＩ農業 創新韌性 |
| 2023 |
智慧城鄉 低碳健康 |
| 2022 |
循環農業 和諧共生 |
| 2021 |
淨零排放 綠色永續 |
| 2020 |
5G農業時代 |
| 2019 |
跨域科技 前瞻創新 |
| 2018 |
智慧農產業 數位新服務：讓科技為農業服務 |
| 2017 |
農業循環經濟與永續經營 |
| 2016 |
農學與提升農業競爭力 |
| 2015 |
農業生產力4.0 - 智慧運籌 |
| 2014 |
鮮享在地 健康食尚 |
| 2013 |
創造農業新價值鏈 |
| 2012 |
農業與美學 |
| 2011 |
健康、永續、新農業 |
| 2010 |
新農村、新農民、新農業 |
| 2009 |
氣候變遷與農業調適 |
| 2008 |
農業轉型與危機處理 |
| 2007 |
安全農業與國土保育 |
| 2006 |
加強農業轉型，促進永續發展 |
| 2005 |
農業求新求進，大家安心放心 |
| 2004 |
希望農業，臺灣希望 |
| 2003 |
加強研發創新，致力國際行銷 |
| 2002 |
掌握農業脈動，走出我們的路 |
| 2001 |
發展農業知識經濟擘劃美麗家園田地 |
| 2000 |
二十一世紀農業發展新策略 |
| 1999 |
跨越千禧年，農業新紀元-兼論九二一地震災後農業復建 |
| 1998 |
農業科技發展的新紀元 |
| 1997 |
如何提升我國農業競爭力 |
| 1996 |
農漁村之建設與發展 |
| 1995 |
促進國際農業合作 |
| 1994 |
如何調適我國農業結構以因應加入關貿總協(GATT) |
| 1993 |
加強野生動植物保育 |
| 1992 |
因應時代趨勢推展永續性農業 |
| 1991 |
農業環境與水土資源保育利用 |
| 1990 |
大陸農業發展之研究 |
| 1989 |
臺灣農地政策之研討 |
| 1988 |
如何加強農產品產銷以穩定農業經營 |
| 1987 |
經濟國際化自由化下農業產銷之調適 |
| 1986 |
環境保護與農業生產 |
| 1985 |
生物技術在農業上之應用 |
| 1984 |
農業生產結構之調整 |
| 1983 |
稻田轉作之政策及途徑 |
| 1982 |
臺灣農業發展之方向 |
| 1981 |
農業科技如何配合第二階段農地改革 |
| 1980 |
臺灣漁業之現在與未來 |
| 1979 |
公害與農業 |
| 1978 |
如何提高農民所得 |
| 1977 |
台灣農業資源之規畫與利用 |
| 1976 |
農業工程與農業發展 |
| 1975 |
農業教育與農業推廣如何配合加速農村建設 |
| 1974 |
建立更有效的農產運銷系統以促進國民經濟發展 |
| 1973 |
現階段農業發展改進方案 |
| 1972 |
園藝事業配合政府農村建設措施之發展途徑 |
| 1971 |
如何促進本省畜牧事業現代化 |
| 1970 |
現階段林業發展與經濟建設 |
| 1969 |
如何促進臺灣漁業之發展 |
| 1968 |
光復大陸後農業建設實施方案初稿提要 |
| 1967 |
農業經營在工業發展中所面臨的新問題 |
| 1966 |
中華民國農業發展之遠景 |
| 1965 |
中華民國農業基本法草案 |
| 1964 |
如何加強農業試驗研究及推廣以發展農業建設 |
| 1963 |
如何加強農業生產以擴展農產品外銷 |
| 1962 |
加速農業發展以適應當前臺灣人口激增之需要 |
| 1961 |
當前台灣農葉基本政策綱要 |
| 1960 |
農業應如何配合加速經濟發展計畫 |
| 1959 |
八七水災後農林業重建方針建議 |
| 1958 |
中東與東南亞地區之農業 |
| 1957 |
分組專題討論 |
| 1956 |
分組專題討論 |
| 1955 |
分組專題討論 |
| 1954 |
現行台灣農業推廣制度之改進 |
| 1953 |
臺灣農林生產應如何力求自立 |